Вы добавляете на сцену экземпляр MyClass, который наследуется от Shape и в котором должен рисоваться квадрат.
Но вы не рисуете квадрат в нём, в нём вы создаёте шейп rect, и рисуете квадрат в этом rect, и после этого ничего с ним не делаете. Рисовать нужно в самом MyClass.
Короче:
Код AS3:
private function draw(){
this.graphics.lineStyle(1, 0x000000);
this.graphics.beginFill(0xCCCCCC);
this.graphics.drawRect(0, 0, 20, 20);
this.graphics.endFill();
}