FileStream отличается тем, что может читать файл синхронно или асинхронно, в отличии от Loader который грузит только асинхронно, и при этом еще автоматически преобразовывает картинку в DisplayObject, а FileStream читает только байты и чтобы преобразовать массив байтов в BitmapData нужно использовать соответсвующий encoder, для JPG и PNG можно использовать
as3corelib