Флексовая SWF состоит из двух кадров, инициализация аппликации происходит на втором, но еще и изза того, что процесс отрисовки происходит очень долго и мучительно... это может занять еще несколько кадров
я думаю, что самым простым решением было бы в applicationComplete вызвать у SystemManager dispatchEvent("загрузились наконец") и на него подписаться из загружающей флешки, или подисывайтесь на ENTER_FRAME у SystemManager и ждите, когда Application инициализируется...