[etc]

Приложение запрашивает пароль, отправляет скрипту, скрипт сверяет, создаете сессию или чего-нибудь в этом духе и работаем. Флеш не более чем интерфейс, с тем же успехом можно формочек наделать и тоже обращаться к скриптам. Если вы скриптам отправляете SQL-запрос, то я могу только посочувствовать.