>> а прямо в текущем коде (Код #3) можно расширить экземпляр экземпляр myTimer[i] и добавить в него свойство id?
Дык, говорю же, не нужно ничего расширять - вам нужен индекс из массива -

Код AS3:
var array:Array = [timer1, timer2];
trace(array.indexOf(timer1));
но лучше Dictionary

Код AS3:
var d:Dictionary = new Dictionary();
d[timer1] = 1;
d[timer2] = 2;
trace(d[timer1]);