[silin]

надо понимать, что речь о чистых AS проетах
имо понятия правильно/не правильно здесь не очень уместны, я бы сказал удобно/не удобно
компилить конечно же быстрее(и надежнее) mxmlc чем в CS, я уж не говорю о том что писать в CS пороосту невыносимо после нормальных редакторов
а вот где хрнить ресурсы во внешних файлах или в библиотеке еще вопрос
мне кажется что собрать все ресурсы в IDE и сохранить как SWC удобнее, чем вставлять через EMBED:
все в одном файле, разложено и названо как удобно, растр хранится в сжатом виде (поэтому и swf меньше получается), шрифты тоже удобнее подрезать в IDE, сюда же звуки, компоненты какие если надо..
короче, каких-то серъезных резонов хранить все во отдельных файлах (кроме разве что CS для этого не нужен) я не вижу,
хотя если ассетов не много, то может оказаться, что через EMBED и складнее