из swf вы передаете в js новые параметры высоты\ширина,
jc принимает их и меняет размер встроенной флешки
примерно так выгляди функция jc

Код:
function my_width_size(_width){
document.getElementById('myAlternativeContent').style.width = _width;
}
где myAlternativeContent - встроенная нами флешка