Хм... версии у нас однозначно разные

но я не знал, что на столько отличаются.
Ну найдите во flex-config.xml строчку:

Код:
<static-link-runtime-shared-libraries>true</static-link-runtime-shared-libraries>
и закомментируйте ее - по крайней мере это дословно то, что компилятор просит.
И еще, как вариант - попробуйте пересоздать проект. Такое впечатление, что компилятор не понимает, что это чистый AS3. Т.е. создайте новый pure AS3 project, и потом переместите туда файлы из зтарого проекта.