[mooncar]

1. У вас часом в структуре мувиков, где находится FLV-плеер, нет ли мувиков, которые растянуты свыше 100% ? (у вас же скриншот FLV плеера гораздо больше, чем с медиаплеера). Может быть вы сам плеер растянули после создания на сцене?

Смущает размер вашего скриншота с FLV - похоже плеер просто растянули по сцене. Наример в символе динамика тоже видны пиксели - видимо это был растровый рисунок.
А пиксели лезут, когда исходный маленький размер растягивают.
А поскольку судить об исходном качестве фильма по этим скринам нельзя, то можно предположить, что при растяжении из маленькой картинки FLV таакже полезли пиксели, как и на динамике.
Нужно создавать FLV-плеер сразу с постоянными размерами.

В общем для сравнения нужны корректные размеры (для FLV - никаких масштабирований свыше оригинальных 100%) и там и там при одном качестве фильма.

Если у вас плеер не растянут на сцене - то:
2. Низкое разрешение исходного фильма.
3. Возможно, потери при конверитровании фильма в FLV.