Мувиклип будет существовать в памяти еще долго, пока сборщик мусора его не удалит (в случае если на него не будет ссылок).
Так что лучше сделать.
Код AS3:
//Останавливаем
stop();
//Проверяем есть ли родитель (добавлен ли клип куданибудь).
if (parent){
//Просим родителя удалить нас.
parent.removeChild(this);
}