Уфффф, вы тут намесили

Создали два экземпляра Score - в Main и в Player. У вас отображается тот, что создан в Main, а приписано событийное изменение тому, что в Player.
Сделайте так

Код AS3:
package {
import flash.display.MovieClip;
public class Main extends MovieClip {
public static var score:Score;
private var player:Player;
public function Main() {
player=new Player();
addChild(player);
//score=new Score(); убрать
//addChild(score);
this.x=stage.stageWidth/2;
this.y=stage.stageHeight/2;
}
}
}

Код AS3:
package {
import flash.display.MovieClip;
import flash.events.Event;
public class Player extends MovieClip {
private var score:Score;
public function Player() {
score=new Score();
addChild(score);
addEventListener(Event.ENTER_FRAME, doSmth);
}
public function doSmth(e:Event):void {
score.updateScore();
}
}
}