[mooncar]

Сталкивался с этим.
Проблема вот в чем.
Вам нужно разделить понятие выводимого текста и редактируемого текста.
То есть вот тут:

slv.onData = function(src:String) {
    if (src != undefined) {
    txt.text = src.toString().split('\r').join('');
    }
}

закидывайте текст одновременно и в поле для отображение и в строковую переменную, которая уже и будет редактироваться:

slv.onData = function(src:String) {
    if (src != undefined) {
   txtSrc = src;
    txt.text = src.toString().split('\r').join('');
    }
}

Дальнейшая работа по редактированию производится с txtSrc!

txtSrc = function edit (txtSrc)

Здесь function edit - это неизвестный мне ваш алгоритм редактирования, мне для объяснения она не важна.

Но когда либо результаты работы по редактированию нужно вывести в текстовое поле, после события, означающего окончание редактирования (т.е. внутри function edit, в конце) используете

txt.text = txtSrc.toString().split('\r').join('');

При сохранении ни в коем случае также нельзя теперь брать данные из текстового поля, берите тоже из

sender.vess = txtSrc;

Что все это означает? Это означает, что структура исходного файла в части, касающейся "переносов" строк останется без изменений.
А в тестовое поле для обозрение польователем выводится строка, уже обработанная сплит-джойном.