[wvxvw]

Что есть в AIR и чего нет в плеере: работа с буфером обмена, возможность создать новое системное окно, лучше работа с файлами, возможность нормально отображать HTML и еще всякие фишки, так все сразу не вспомню.
Флекс - это фреймворк + компиляторы, а AIR - это рантайм. Как бы нет никакой особенной связи между ними. Т.е. совсем не обязательно использовать флекс для того, чтобы получилось что-то для AIR.