Программно пробовали зациклить? Т.е.

Код AS1/AS2:
mySound.onSoundComplete = function() {
mySound.start();
}
Или просто задать количество проигрываний:

Код AS1/AS2:
mySound.start(0, 999);
Но вообще, думаю, что до миллисекунд флеш не обеспечивает точности.
Не зря у метода start() в его синтаксисе первый параметр - offset (то есть смещение начала воспроизведения относительно начала самого звукового ролика) задается в секундах, а не в миллисекундах, как время, например, в интервальной функции.
Добавлено через 10 минут
Попробуйте переделать последние секунды mp3-шки так, чтобы пауза была незамента. Например, плавный фейд (снижение громкости) в тишину, и потом - нарастание громкости с начала ролика. Если конечно, звуковой сюжет позволит.