[Division]

var len : int = arr.length;
var i : int = len;
while (i > 0) {
    i--;
    if (condition) {
        arr.splice(i,1);
    }
}

То есть спускаемся от последнего индекса у нулевому.
Не знаю, как флешь работает с памятью, но быть может лучше вообще не менять размер массива (обнулять удалённые элементы и сдвигать их в конец массива).