[wvxvw]

Ну, для начала скомпилируйте с -dump-config и посмотрите а поменялась ли настройка вообще, если да - то может быть проблема в чем-то другом. А, да, и еще флекс записывает в SWF таг #41 - это похоже какой-то timestamp или что-то в этом духе. На сколько я понимаю, в релиз билде его нету, ну, или не должно быть. Ну, в принципе его можно найти и удалить, если, например, принципиально важно получить одинаковую проверечную сумму для нескольких компиляций.
Но, еще раз, самое правильное - не делайте чек-ин бинарникам, это глупо и никому не нужно.