Есть подобный негативный опыт, побороть не удалось. Какая-то лажа на стороне эклипса, чего-то он странное со своим воркспейсом делает... пробовали и субклипсом и черепашкой - результат примерно одинаковый: там где ступила нога эклипса никто больше ходить не будет
Есть предположение, что папки с точками в названии плохо уживаются в СВН вообще...