Насчет алертов - перед их вызовом писать
Код AS3:
if (DEBUG)
и перед публикацией менять эту переменную на false (или написать свой алерт, который будет это делать).
Насчет трейсов - у компилятора 3 флекса такого параметра не было. Может в 4 флексе появилось, не знаю...