Похоже что программно указать прокси нигде нельзя.
И запустить системный диалог настройки соединений из AIR тоже невозможно.
Остается только выводить предупреждение для пользователя, с описанием где его можно настроить.
А вообще, с каждым годом прокси используются все меньше и меньше, с современными каналами это уже неактуально, разве что как один из способов ограничения траффика во всяких жлобствующих организациях
