Самое простое - в квадрате (as MovieClip) сделать кадры с цветами. И потом gotoAndStop(...). Можно даже твининг сделать
Чуть позамороченнее - рисовать каждый клик квадрат програмно (flash.geom.rectangle) по известным размерам, или применять к нему DisplayObject.transform, или отрисовывать его в новый битмап с разными transform.
Т.е. отвечая на вопросы, сделать его можно соот-но мувиком, спрайтом, шейпом или битмапом, а обратиться к его свойству цвет, напрямую, как к шейпу, насколько я знаю, нельзя, можно только перерисовать заново, или трансформировать.