Ваша ситуация понятна...
Я еще упростил код, убрал onEnterFrame и ввел ваш триггер:

Код AS1/AS2:
function pauseFunc () { //функция паузы
clearInterval (CHK);
isPaused = true ; //тут ваш триггер устанавливается в true
}
function checkFocus () { //функция установки проверки
isPaused = false ;
CHK = setInterval(setFocusOnNullObject, 10);
}
function setFocusOnNullObject () { //принудительная установка фокуса на специальный объект вместо null
if (!isPaused && Selection.getFocus() == null) {//если фокус переходит на null, переводим его один раз на специальный объект
Selection.setFocus(null_mc);
}
}
null_mc.onKillFocus = pauseFunc; // при потере фокуса приостанавливают игру, достаточно объявить ОДИН раз
checkFocus (); //первоначальная установка проверки
Вам нужно записать этот код в первом кадре основного таймлайна.
А вот этот вызов

Код AS1/AS2:
checkFocus ();
дописать еще там,
где у вас идет снятие с паузы для того, чтобы снова активировать перевод фокуса с null на объект null_mc и отслеживание потери фокуса.
И не забудьте про мувик null_mc, я забыл сказать, он должен на сцене быть как Button (как у меня в примере, можете прямо его скопировать).
Для начала хотя бы добейтесь постановки на паузу, снятие во вторую очередь.