[aktet]

Возникла такая же проблема, выход нашел в том, что отказался от fl.motion.Animator, а программную анимацию реализовал при помощи fl.motion.AnimatorFactory.

Вроде проблема возникает не только при наличии объекта с 3d свойствами, но и при наличии "новой" Motion Tween (не classic tween).