Попробуйте так.
В HTML страницу ставим:

Код:
<script type="text/javascript">
window.onbeforeunload = function() {
// эта функция вызывается при закрытии HTML страницы
var app = document.getElementById('id_флешки_а_html');
if (app) app.doClose(); // дергаем флеш
}
</script>
на флешке:

Код AS3:
if (ExternalInterface.available) {
try {
// объявляем функцию доступную из javascript
ExternalInterface.addCallback("doClose", doClose);
} catch (error:Error) {}
}
//...
/** HTML страница закрывается */
private function doClose():void {
// делаем что надо
}