Ну, в Windows - BAT файлы, а чего на маке - я не знаю. Подозреваю, что какие-нибудь *.sc и в терминале что-нибудь типа $ source runasdocs.sc - но не уверен.
А в ФД помимо непосредственно утилиты есть еще и плагин, который может помочь автоматически настроить что и к чему:
http://www.flashdevelop.org/communit...php?f=4&t=4641