Флэш-мультфильмы... в основном.. делаются во флэш-редакторах
Яркий представитель данного класса объектов - Adobe Flash CS3 Professional
CS4 - вроде как ставить не имеет смысла ибо глючен....
Встроенный векторный редактор позволяет вполне нехило рисовать "от руки", при наличии планшета... Хотя и мышью рисуют.
Можно импортировать графику из Macromedia Freehand или Adobe Illustrator из того же CS3
Можно вставлять любую растровую графику, аудио дорожки и видео.
Насколько я понимаю, флэш приемлет видео в FLV формате, конвертер которого поставляется все с тем же CS3
Литература.... да собссно в поисковике наберите FLASH TUTORIAL - для аниматора-рисовальщика вполне достаточно.
Игры - делаются все там же, но для этого надо учить язык программирования ActionScript.
Последняя версия данного языка - АS3.0.
Но тут надо читать долго, много, усердно и быть готовым к плотному общению с серверными программистами, владеющими такими языками как PHP, mySQL и иже с ними.