[AL.exe]

Вообще, имхо, проще и лучше заюзать setTimeout из flash.utils, чем таймер, который нафиг тут не нужен, потому что используется один раз.

//"музыка начинает играть например через 2 секунды, но не с начала а как будто она уже 2секунды играла но мы ее не слышали"
setTimeout(startPlayback, 2000);
 
function startPlayback(position:Number = 2000, stopAfterInterval:Number = 1000)
{
    s.play(position)
    //"только не получается ее на 3секунде остановить"
    setTimeout(stopPlayback, stopAfterInterval);
}
 
function stopPlayback()
{
    s.close()
}