Слоев, которые используются при разработке, в самих роликах уже нет, а вот глубины (Z-индекс) - есть.
Для их смены используется метод swapDepths.
Если нужно поменять мувики глубинами между собой:

Код AS1/AS2:
mc1.swapDepths (mc2);
Можно задать нужную глубину руками:

Код AS1/AS2:
mc1.swapDepths (10);
Только при всех этих операциях надо иметь ввиду, что мувики, созданные в авторской среде, имеют отрицательные глубины, а те, которые создаются программно - от 0 и выше.
Так задумано, чтобы не было конфликтов.