PDF поместить внутрь SWF нельзя.
Можно обратиться к программе FlashPaper2
http://www.adobe.com/products/flashpaper/, с ее помощью любой документ можно опубликовать в swf.
Смею заметить, что уповать на swf как на надежный контейнер для хранения чего-либо нельзя - из swf можно вытащить практически все, а уж графику - при желании за минуту.