Можно менять прозрачность.
Код AS1/AS2:
myButton.onRollOver = function(){
this._alpha = blackBox._alpha = 0;
}
myButton.onRollOut = function(){
this._alpha = blackBox._alpha = 100;
}
myButton - это instance name вашей кнопки,
blackBox - это instance name мувиклипа с черной заливкой.
Хотя я не правильно понял. Можно попробовать в фоне оставить "дырки" ровно под кнопками.