[mooncar]

Импортироваться будет только анимация основного таймлайна. Анимация вложенных мувиков, анимационные сценарии, обусловленные скриптами, в импортированную анимацию не попадут.
Как решить:
1) Вытаскивайте все на главный таймлайн.
2) Делайте захват экранного изображения проигрываемой флешки в AVI сторонней программой.