Флеш приложения для ВКонтакте ничем не отличаются от любого другого типа флеш разработок, т.е это тот же код, написанный на AS2 или AS3, и подойдет любая программа для написания кода (хоть блокнот) и его компиляции.
Посмотрите в сторону
FlashDevelop очень легкий и шустренький редактор.
Другое дело если будете для приложений использовать Flex-фреймворк, там есть некие особенности и нюансы, которые нужно учитывать для ВКонтакте. Но это уже другая тема.