Вообще, я бы не стал делать презентацию в повер поинте и пытаться одновременно запихивать туда флеш, помоему это маразм, вот честно
Выберете что-то одно, либо делайте презентацию во флеше, либо в повер пойнте. Также можно использовать следующие приёмы:
1. если флешка просто статичная анимация, её можно сохранить как видео фаил и спокойно вставлять в повер поинт.
2. можно вставлять скриншоты со флешки (картинки как она выглядит)
3. поставте на флешку ссылку, тоесть тыкая её, флешка открывается в отдельном окне.