http://code.google.com/p/fb4linux/
Если не соберешь, стукнись, но там как бы все просто. (Единственное, профайлер не работает, и дизайн вью, но он и так никогда на линуксе не работал). Дебагер, как ни странно, работает, кроме того, можно запускать черз коммандлайн дебаггер.
Яву ставь только сановскую, с open-jdk намучаешься, и удалять его потом долго и болезненно.
Клипс ставится без проблем, но для небольших проектов я бы работал в VIM, для него есть подсветка для AS, кроме того, с NERDtree вообще замечательно, сразу и интеграция с файловой системой / Subversion / GIT / компиляция настраивается в полпинка, ну вобщем, все прелести
Кроме того, ФБ сам по себе вещь на любителя. Как по мне, все худшее, что есть в Java нашло себя в этой "маленькой но гордой програме"
Из СДК качай самый большой
Отличаются типами лицензий, но это долго разбираться... Я думаю, что если для конкретного проекта не очень принципиально какая именно лицензия, то можно даже не особо заморачиваться по этому поводу.
Я пробовал билдить СДК на той же Убунту Люцид, вроде без проблем.
Еще пара советов:
http://www.flashdevelop.org/communit...php?f=9&t=3973