Код:
window.open( адрес, имя окна, параметры )
Если задаётся имя окна, то при повторном вызове этого окна, оно просто будет перезагружаться.
или проверяем было ли открыто окно... и ещё не закрыто.
Код:
if( ! win && win.closed)
{
var win = window.open( адрес, имя окна, параметры )
...
...
...
}