Да, сравните адреса - тот, с которого загружается основной ролик, и путь в load для загружаемого. Сделайте так, чтобы адреса
совпадали. Относительность пути тут как бы не при чем, просто флешка склонна считать домен с алиасом с "www" другим сервером.
Помнится, с использованием битмапы, загруженной с другого сервера, обнаружились сходные проблемы.
А в среде разработки много чего работает, что отказывается работать при выкладывании на хост. Это связано с секьюрными моментами флеша.
UPD:
1. Попробуйте поставить именно
относительный путь в load, например относительно корня сайта:

Код AS1/AS2:
mcLoader.loadClip('/flash/clipB.swf', all);
Так должно заработать.
Лучше использовать именно этот вариант, потому что нет гарантии, что у юзера в адресной строке будет именно тот адрес домена, который стоит в load.
2. И наконец, в клипе B можно прописать строку

Код AS1/AS2:
System.security.allowDomain('mysite.ru');
Тогда и с www заработает, и без, вообще с любого домена 3-го уровня.