подразумевалось, что исходная битмапдата будет непрозрачной.
А у вас прозрачная. Вот и получается что фон 0x00000000 превращается в 0xFF000000 после модификации альфа канала.
И кстати, можно упростить это
Код AS3:
new Rectangle(0,0,bitmapData.width,bitmapData.height)
вот в такое выражение
Код AS3:
bitmapData.rect
