Хмм... не обязательно JS использовать достаточно и CSS поставьте
Код:
<div style="position: fixed" />
</div>
и он будет ровно в том месте страницы, куда вы поставите.
В AS3 для вызова JS функций используйте ExternalInterface
Код:
ExternalInterface.call("HideBanner")