Отписал автору TweenMax, пишет что это из-за сочетания способа использования твина и переключения табов браузера.
Т.е. при переключении на другую закладку браузера твины паузятся а таймер - нет.
В результате при переключении обратно твины сразу получают onRepeat, и начинают работать не с того места откуда начали а с места где запаузились.
Говорит, по-другому твины оформить надо:
1)Just repeat:-1 the balls’ TweenMax tweens
-OR-
2) Tuck them into a function and use an onComplete in one of the tweens to call the same method that created the tweens
-OR-
3) insert() them into a TimelineMax whose repeat is set to -1.
А было вот как ( т.е. так не надо делать):

Код AS3:
public function Main()
{
var mc1:MovieClip = getMovieClip(100, 100)
var mc2:MovieClip = getMovieClip(400, 400)
//Вместо таймера
TweenMax.to(this, 1, {x:this.x, repeat:-1, onRepeat:onTweenRepeat })
function onTweenRepeat():void
{
//Вот эти твины при переключении обратно на закладку с флешкой ресетятся
TweenMax.to(mc1, 0.5, {x:400, repeat:1, yoyo:true })
TweenMax.to(mc2, 0.5, {x:100 , repeat:1, yoyo:true })
}
}