[derhab]

такой вариант:
в документ классе Main

private var _boxes:Array = [];
...
public function addBox(box:Box):void
{
    if(_boxes.indexOf(box) == -1)
    _boxes.push(box);
}

в каждом экземпляре box:

// в конструктор передается ссылка на Main
public function Box(main:Main)
{
    main.addBox(this);
}