[logoed]

ИМХО
получается что лучше всего сделать изначально "черновик" в 3D
а далее ручками собирать, используя инструментарий флеша, в сложных переходах подкладывать для отрисовки кадры из 3D.
рисовать каждый кадр, особенно где будет большое количество элементов - получится наверное объемным в плане веса (по ощущениям использования иллюстратора, когда большое количество кривых с большим количеством узловых точек)

а еще лучше проверить возможности 3D прог на предмет возможности получения кадра в векторе. по ощущениям кадовские программы изначально векторные и позволяют делать простую анимацию. вот только позволяют ли они выдергивать элементы соответствующие конкретному кадру?