[mikhailk]

если стоит задача затенить весь контент за алертом, то ничего проще, чем поставить за алертом мувик, а потом его убрать, я что-то не знаю.

Что касается "отстреляться строками" - то если речь идет чтобы все решить кодом, я лично вообще никаких проблем не вижу. Заводите класс AppAlertBack, в котором отрисовываете слой с требуемой прозрачностью, а в классе алерта перед выводом на сцену системного окна алерта создаете и кидаете туда экземпляр AppAlertBack. В функции, в которой убираете алерт, вместе с окном алерта удаляете и экземпляр AppAlertBack.