[i.o.]

точно также пройдись с шагом в 3 и задай

public function nVert(myNum:Array)
{
    points = [];
 
    var length:int = myNum.length;
    for (var i:int = 0; i < length; i += 3)
    {
        points.push( new Point3D( vertex[myNum[i]], vertex[myNum[i+1]], vertex[myNum[i+2]]) );
    }
}

Содержимое vertex уже задано

зачем тогда

vertex = new Array();

?