[bav]

У вас в функции onTick, которая вызывается каждые 25 миллисекунд, ясно сказано:

archibald.x = 400;
archibald.y = 500;

Если вы хотели, чтобы Арчибальд возвращался в исходное положение только 1% случаев, вам нужно поставить эти две строки в соответствующий блок кода.

if (Math.random() <0.01)
{
    archibald.x = 400;
    archibald.y = 500;
    ...
}

Добавлено через 4 минуты
Еще нужно определить фигурными скобками границы цикла:

for each( var alien:Alien in army)
{
    ...
}