[dark256]

Объявляем массив PARENT_IDS
Линейно перебираем в цикле по i ваши строки или, допустим объекты obj.

Пишем

PARENT_IDS[ obj [i].parent_id ] += obj [i].id+","

На выходе получаем массив ссылок:

PARENT_IDS[ 0 ] = "1,5,7,9"
PARENT_IDS[ 1 ] = "2,5"

Далее по полученным данным в двух циклах строим ваше дерево. В общих чертах. Похоже?