А с ваши кодом надо так
Добавить
Код:
<param name="wmode" value="transparent" />
и в <embed> добавить
Код:
wmode="transparent"
А если используете AC_RunActiveContent, то в соотв. месте кода публикации добавить строку
Код:
'wmode', 'transparent',
Но лучше всего учитесь использовать SWFObject, он дает много преимуществ. Не поленитесь разобрать мой пример.