[DEAFFF]

Попробовал с помощью After Effects - не нашел там экспорта в flv, зато там был экспорт в Adobe Premier. А уже в Adobe Premier был экспорт в flv.

В итоге по такой цепочке был получен нужный flv. В результате вместо 3 MB имеем 700kB! Качество не уступает оригиналу(и его можно настроить более детально). К тому же исчезли баги о которых я писал выше(пропадание кадров).

Все равно не нравится такая цепочка, хотелось бы попроще. Начал разбираться Adobe Media Encoder, на вопрос - может ли он подцепить последовательность png. Оказалось что png не может - зато может подхватить Tiff последовательность. Но пока не удалось подхватить последовательность. Подхватывается всегда один файл все.