А у вас мувик с фоном рисованный?
Тогда программно созданные мувики так и так будут выше него, поскольку мувики, созданные в авторской среде, по умолчанию автоматически попадают на отрицательные глубины, а программно создаваемые - находятся на положительных, то есть они и будут заведомо выше.
Разве что вы разъясните, что вы подразумеваете под "были на низшей глубине".
А swapDepths() работает просто:
1.
Код AS1/AS2:
mc1.swapDepths(mc2); //меняет местами по глубине mc1 и mc2
2.
Код AS1/AS2:
mc.swapDepths(10000); //ставит mc на глубину 10000