[goodguy]

Это как папки на компе. По сути можно просто кидать все файлы в корень жесткого диска, для компа особой разницы не будет, но для человека - полный бардак. Так и в проектах. Пакеты нужны для поддержания порядка.
А стоит ли ложить весь проект в какой-то главный пакет (типа com.lynda.blabla ит.п) или нет, каждый решает для себя сам. Лично я этого не делаю. Вполне хватает папки с проектом