FlashDevelop - это редактор кода (
официальный сайт). В нем гораздо удобнее писать и редактировать код. Естественно, он ориентирован на написание кода в классах (отдельных .as файлах)
Что касается Flex'а - то это
1) фреймворк для быстрого создания всяких формочек-кнопочек
2) язык разметки (по аналогии с html-javascript это связка mxml(flex)-actionscript)
3) компилятор для actionscript- и mxml(flex)-проектов