Переписать с помощью JS кусок кода в HTML можно.
Боюсь, что вам это не поможет - либо wmode "opaque" или "transparent", тогда плеер с флешкой - в DOM-структуре страницы, либо "window" - тогда в отдельном невидимом окошке поверх.
http://www.flasher.ru/forum/showthread.php?t=148256
И, вероятно, флешка всё равно перезагрузится после смены режима на "window".